با توجه به اینکه کاهش تلرانس بین لوبها و محفظه به دلیل محدودیتهای فرآیند ساخت دشوار است، یکی از بزرگترین معایب لوب پمپها وجود فضای خالی برای بازگشت سیال در جهت معکوس است. این مسئله منجر به کاهش فشار بیشینه سیال خروجی میشود. به همین دلیل، بازده حجمی پمپهای گوشوارهای نسبت به انواع دیگر پمپها مانند پمپهای گریز از مرکز یا محوری کمتر است.
علاوه بر این، نشتی قابل توجهی که ناشی از این فضای خالی است، باعث کاهش بازده پمپ در سیالات با لزجت پایین میشود. هرچند این کاهش به حدی نیست که این نوع پمپها را برای سیالاتی مانند آب نامناسب کند، اما بازده آنها به طور قابل توجهی پایینتر خواهد بود.
از دیگر معایب لوب پمپها میتوان به نیاز به قطعاتی مانند چرخدندههای زمانبندی اشاره کرد، در حالی که اکثر پمپهای متداول به چنین قطعاتی نیازی ندارند. وجود این اجزا، هزینه نهایی پمپ را به شدت افزایش میدهد و همچنین خود چرخدندهها باعث اتلاف انرژی و کاهش بازده کلی پمپ میشوند. هزینههای تعمیر و نگهداری این قطعات نیز به هزینه کل سیستم افزوده خواهد شد.
آببندی دو مرحلهای در این نوع پمپها نیز فرآیند ساخت را پیچیدهتر و هزینههای تولید را افزایش میدهد. به طور کلی، پمپهای گوشوارهای هزینه اولیه نسبتاً زیادی را برای خریدار به همراه دارند.